وبالنسبة لمعظم الناس، تتَّسق الهويةُ الجنسانية مع جنسهم التشريحي (الولادة) ودورهم الجنساني (كما هي الحال عندما يكون للرجل شعور داخلي بالذكورة، ويتصرَّف بطرق ذكورية أمامَ الناس).

الهوية الجنسانيَّة تصير راسخة في مرحلة الطفولة المبكِّرة (من 18 إلى 24 شهرًا من العمر). خلال مرحلة الطفولة، يعرف الأولاد أنَّهم صبيان، والفتيات يعرفن بأنَّهن فتيات. ولكن، يفضِّل الأطفالُ أحيانًا الأنشطة التي تعدُّ أكثرَ ملاءمةً للجنس الآخر (يسمَّى ذلك السُّلُوك غير المتوائم مع الجنس gender-nonconforming behavior). ولكنَّ هذا التفضيلَ لا يعني أنَّ الفتاةَ التي تحبّ أن تلعب لعبة البيسبول والمصارعة - على سبيل المثال - لديها مشكلة في الهويَّة الجنسية، ما دام أنَّها ترى نفسها أنثى. وبالمِثل، فإنَّ الصبي الذي يلعب بالدمى، ويفضِّل الطبخ على الرياضة أو أنواع اللعب الخشنة، ليس لديه مشكلة في الهويَّة الجنسية ما دام أنَّه يعرِّف نفسه كذكر وهو مرتاح لذلك. غالبًا ما يمرّ الأولادُ الصغار عبرَ مراحل يلعبون فيها بألعاب الفتيات أو ملابسهن، ولكنَّ قلةً منهم يعانون من مشاكل تتعلَّق بالهوية الجنسانية كبالغين. ومعظمُ الأولاد، الذين يفضِّلون الأنشطة التي تعدُّ أكثرَ ملاءمة للفتيات، ليس لديهم مشكلة في الهوية الجنسية عندما يكبرون، ولكنَّ العديدَ منهم هم من المثليين أو ثنائي الجنس في ميولهم الجنسيَّة.

أمَّا الأطفالُ الذين يُولَدون بأعضاء تناسلية غامضة أو ملتبسة فيكون لديهم مشكلة في الهوية الجنسية عادة إذا جَرَت تربيتُهم بشكلٍ حاسم كجنس معيَّن، حتى إذا نُشِّئوا في الدور الجنسي الذي هو عكس نمط جنسهم البَيولوجي؛ بيد أنَّ هناك بعض الحالات التي جَرَى نشرها على نطاق واسع، حيث فشل هذا الأسلوب؛

ففي بعض الاوقات، يشعر الأشخاص بأنَّ هويتهم الجنسية وجنسهم التشريحي غير متطابقين. ويسبِّب هذا الشعورُ ضائقة كبيرة أو ضعف في القدرة على العمل أحيانًا. وتسمَّى هذه الحالة الخلل الجنساني أو عدم الرِّضا الجنسي gender dysphoria. وقد يحتاج الأشخاصُ الذين يعانون من هذه المشكلة إلى تقييم من قبل ممارس الرعاية الصحية.